作为全球环境基金最初的重点领域之一，国际水域项目帮助国家处理各种跨界水系的问题，从江河流域，湖泊流域，地下水系统，到海岸和都多数渔业存在的大海洋生态系统，在到公海。全球环境基金在帮助各国充分利用政策，法律及制度改革和必要的投资来应对跨界水源等复杂问题方面起到了催化剂的作用。作为全球环境基金的组成部分之一，小额赠款计划资助的项目涉及受威胁的水体附近的社区及，水体生态系统的跨界威胁。

　　全球环境基金同环境公约及协议密切合作。区域和国际水域的协议影响着全球环境基金保护国际水域的项目。尽管全球环境基金国际水域部分并不是某个特定公约的基金机制，但它同许多涉及跨界水系的国际和区域的公约合作。全球环境基金项目经常同批准区域公约结合起来，作为全球环境基金项目结束后，保证项目可持续性的政府承诺。国家之间的协调在这个领域比全球环境基金的其他领域都更重要。

下面的因素使得国际水域同全球环境基金的其他领域不同：
　　1． 不像其他的重点领域是某个公约的基金机制
　　2． 大多数项目是跨国合作的项目
　　3． 伙伴关系是国际水域项目成功的核心要素
　　4． 许多项目包括其他重点领域的内容（如生物多样性，土地退化和持久性有机污染物）

　　由于小额赠款计划金额小而且不资助政府部门，小额赠款在国际水域的项目还没有涉及参加战略行动计划或者其他多国政府的安排。不同的是，小额赠款计划国际水域的项目倾向于在小范围内，特别是在跨界水域支持减少水污染的技术示范（例如帮助农民减少杀虫剂使用的新方法）或提高社区在垃圾污染水体方面的意识，同时开展清除垃圾和改善垃圾管理的社区行动（例如垃圾循环使用的项目）。尽管一些项目已经促进了同相邻水域的其他国家的非政府组织和社区组织的协调，但多数项目仍然只涉及到的一个国家的社区。除了极个别的例外，过去实施的大多数国际水域的项目都没有正式的纳入战略行动计划或正在进行的大型或重型全球环境基金项目。

小额赠款计划在GEF 第5执行阶段的目标
• 通过社区活动支持跨界水域管理
　　小额赠款计划将寻求合作与采取措施，通过社区和公民社会的行动来支持国际水域战略行动计划的实施。针对每一个全球环境基金覆盖的跨界水体都制定了战略行动计划（或正在制定过程中），小额赠款计划将通过有效的技术和适当的路线图指导下的可持续跨界水体管理项目来支持战略行动计划的实施。小额赠款项目将提升利益相关方的能力，支持知识管理来解决这个领域的重点问题，如减少陆源污染，提高用水效率，通过设立“鱼类保护地”发展可持续的渔业，恢复和保护栖息地，示范水源保护保护包括集水盆地的保护。采用的方法包括社区层面的综合性海岸带管理和可持续的渔业开采。社区和公民社会是综合性流域管理和综合性海岸带管理等活动的主要合作伙伴。小额赠款计划将支持相关地区的国际水域公约。这个战略目标将在国际水域产生全球环境效益，包括可持续的水资源利用，减少跨界水体的营养流和陆源污染，重要栖息地的保护，有重要生态功能和经济效益的物种的保护。